A educação agroecológica permeia diversas ações do Cepagro, integrando atividades práticas, reflexivas e participativas nos contextos urbano e rural, direcionadas para as comunidades escolar e acadêmica, agricultores familiares e urbanos, consumidores, grupos de economia solidária e organizações diversas.
Realizamos oficinas, intercâmbios, mutirões, produção de publicações, intervenções lúdicas, formação e sensibilização de educadores e consumidores, bem como incidência política para o fortalecimento de temáticas agroecológicas em espaços educativos. Visamos estimular a mudança de hábitos alimentares e de atitudes em relação ao meio ambiente e a todas as formas de vida.
De 2010 a 2013, o Cepagro implementou em parceria com a Secretaria Municipal de Educação de Florianópolis o Programa Educando com a Horta Escolar e Gastronomia. A partir daí, desenvolveu uma metodologia de hortas pedagógicas.
De 2013 a 2016, desenvolveu ações de educação ambiental no Camping do Parque Estadual do Rio Vermelho.
Em 2017, realizou o Ciclo de Oficinas Saber na Prática, com atividades sobre agricultura urbana em diversas comunidades de Florianópolis. Neste ano também passou a assessorar a implantação de hortas pedagógicas em Antônio Carlos (SC).